原名华祖庙，是敬奉神医华佗的地方，为亳州一大胜迹。华祖庵建于何时已不可考。清代乾隆辛已年（公元１７６１年）修缮，嘉庆二年（公元１７９７年）复修，同治年间又重修一次。１９６２年，安徽亳县人民政府拨款进行维修，增设华佗纪念馆，郭沫若题馆名。１９８０年又拨款维修。华祖庙为省级重点文物保护单位。

华祖庙门前，有石狮一对，一雌一雄，足踏莲花。进门便见正殿，殿门两侧廊柱上刻楹联一付：“素论无传一卷伤心狱吏火户枢不朽片言终在活人方”。正殿内塑华佗立像，像高２．７米。殿内陈列《华佗神方》、《华佗遗著》、《中藏经》、《华佗乡土别传》等著作。左右两面壁上六组雕塑生辉，反映出了华佗的生平事迹。

正殿东侧有两偏门，南门曰“回春”，北门曰“济世”，均为砖雕。两偏门正中照壁上镶郭沫若手书“华佗纪念馆”刻石。由偏门入内，可见“自怡亭”，四角凉亭，传为华佗休息之所。亭柱对联云：“自是闲云野鹤，怡然流水瑶琴”。亭对面室内陈列“全国华佗学术讨论会”部分论文及资料汇编。室正中壁上挂大幅油画，有“术比长桑，功牟良相”，楚图南书林则徐句：“苟利国家生死以，岂因福祸趋避之”等联语，室外廊柱上楹为：“善德善言善行总以善医为善，名山名水名胜更因名人而名”等，赞颂华佗的善医善行。

转过正殿后，便可见“元化草堂”。据乡里传说，此院便是华佗旧居遗址。草堂居中，东厢房为“益寿轩”，西厢房为“存珍斋”，有曲廊相通。由曲廊东入“益寿轩”，此传为华佗诊脉疗疾处。华佗医术高明，药到病除，故名“益寿轩”。轩内壁上书《华佗乡土别传》，介绍华佗生平。１９８３年夏克平医师敬献“华佗木雕像”，系家中数代珍藏。

出“益寿轩”转到“元化草堂”殿后即到“课徒馆”。传为华佗当年授徒、讲学的地方。“课徒馆”后便是“洗芝池”，为华佗当年淘洗药物的地方。“洗芝池”旁有一药园。药园植有各种名贵中药材。出药园，往右前行，即到“元化草堂”西厢房“存珍斋”。相传这里是华佗炮制中药、配制药剂的地方，里面陈列着炮制的各种中药材。“存珍斋”前面便是大殿的西偏殿。殿额为“苍生大医”几个大字，内有三组蜡像塑像，即五禽戏蜡塑、夫妇采药深山蜡塑、麻沸散开刀蜡塑。从西殿出来，经过一园门，门上额题“得神者活”，含意颇富，意味隽永。