按照生物的五界分类系统，植物和动物作为生物的两个高层次分类阶元，是分别从另一个阶元——原生生物界的一些不同门类中进化而来，而且与后者是呈并列关系的。

　　这样的分类系统突出了生物各大阶元之间存在的从简单到复杂、由低级至高级的层次关系。

　　但是，它也有不足之处。特别是没有反映现代生物的两个最基本和最进步类群——动物与植物的系统关系及其历史渊源。

　　实际上，植物与动物的祖先类型不仅都可以在原生生物中找到，而且它们在原始生物中的祖先类型甚至具有一定的同一性。这种同一性在现代的一种原始生物--眼虫身上还可以找到。

眼虫或裸藻

　　眼虫是一种生活在水中的单细胞原生生物。身体呈长梭形或圆柱形，前端有一个凹口，由此伸出一根鞭毛，其摆动在水中产生的反作用力能够推动身体运动；凹口的下方有一个具有感光机能的红色的眼点（眼虫的名称就因具有眼点而得）。如果把它们放在含有有机物的水中，眼虫能够靠细胞膜吸取水里的有机物“食物”，过着动物式的异养生活。这些性质使动物学家认为，眼虫是一种“原生动物”。但是同时，眼虫的细胞却又有含叶绿素的叶绿体，能够进行光合作用，自己制造营养。因此，植物学家认为，它是一种“原生植物”；由于它的细胞外面没有细胞壁，植物学家给它起了另外一个名字——裸藻。

　　眼虫的这种“动物植物双重性”使许多科学家相信，动物与植物有共同的祖先——它很可能就是与眼虫类似的、某种生活在远古水域中的单细胞原生生物。在漫长的进化过程中，它们当中的某些分子伴随着基因组的变化加强了运动、摄食的结构和功能，同时逐步“丢失”了进行光合作用的结构和功能，最终生活方式转变成为完全的异养；另外一些分子则伴随着基因组的其它方式的变化向着完全自养的方式转变。前一种方式代表着最早的动物的产生，后一种方式代表着最早的植物的出现。

　　原始的原生动物和原生植物分异伊始都是单细胞的，随后，它们分别向多细胞方向发展。

　　在古生物学界，对植物与动物分异时间的认识是随着化石的不断发现与积累、新的研究思想、研究方法的进步以及学科交叉的相互影响而不断更新的。

　　早在达尔文于1859年发表《物种起源》之时，他就同时以实事求是的科学态度提出了当时的进化论所存在的难点，其中之一就是著名的“寒武纪爆发”。

　　所谓的寒武纪爆发是指科学家在距今5亿7千万年前到5亿年前的地层中发现的似乎是突然出现的众多的化石动物类群，其中包括海绵动物、腔肠动物、环节动物、软体动物、节肢动物、腕足动物、棘皮动物以及原始的脊索动物。根据这些发现，一些科学家认为这些动物在地球上是以一种爆发式的过程突然地出现在地球上的，同时，这种动物的爆发也说明了动植物分野的开始，因此他们推测，动植物分异的时间近于6亿年前的寒武纪之初。

　　到了1949年，古生物学家斯帕里格在澳大利亚南部阿得雷德山脉以北的埃迪卡拉地区发现了数量众多的无骨骼的海洋无脊椎动物化石，并把这一化石动物群的时代判定为寒武纪早期。可是10年后，古生物学家格拉斯南经过对这个动物群的认真细致研究，得出了三个不同凡响的结论：（1）这个化石动物群中无论是腔肠动物、环节动物还是节肢动物，它们当中都没有发现任何寒武纪的属种；（2）这个化石群中的微体化石组成与好望角的微体化石组成毫不相同；（3）埋藏着这个化石动物群的邦特岩层有1000米厚，与它上面覆盖的寒武纪地层之间并不连续（这在地层学上叫做不整合接触），因此邦特岩层应属于与寒武纪不同的地质年代。在1960年召开的国际地质学大会上，科学界正式把这个化石动物群命名为埃迪卡拉动物群。此后进行的多种手段绝对年龄的测定表明，埃迪卡拉动物群的年代为距今6亿8千万年至6亿2千万年。