屯溪石窟群自从被发现到现在，已经有几十万人次的海内外观光者慕名走进了石窟群，并加入到趣味盎然的揭谜者行列之中，特别是一些国家领导人的亲临视察，使得破解屯溪石窟群之谜成为了一个令人瞩目的课题。

　　屯溪石窟群呈线形沿江遍布于新安江屯溪段下游南岸的连绵群山中，分布线总长约５公里，其间林木葱郁，环溪蛇行，迄今已经探明共有３６处古石窟就隐藏在树遮草封的山间。几乎每一位来参观过石窟群的游客都会生发出这样一个疑问：如此规模空前、历史悠远的石窟群，为什么直到现在才得以发现、发掘呢？与国内诸多著名天然溶洞相比，屯溪石窟群并非天然而生的溶洞，而是古代人为开凿的怪异洞窟，石窟岩壁上当年的凿痕印迹至今依然清晰如初；与国内诸多著名石窟相比，屯溪石窟群洞内空间奇大，结构怪异，有的层层迭宕，洞中套洞；有的石柱擎天，奇幻神秘；有的水波荡漾，迂回通幽。而且洞中无壁画、无佛像、无文字，因此疑团丛生。尤其是有两个石窟的洞口就开在新安江的水中，更让人扑朔迷离。

根据地质学家的研究判断，屯溪石窟群始建于晋朝，距今至少有１７００年的历史。如今，在屯溪石窟群中，已有两个石窟（２号、３５号）被开发并接待游客了。其中，３５号石窟是已开发的两座石窟中面积最大的。

　　３５号石窟又称地下宫殿、清凉宫，洞深１７０米，面积约１．２万平方米，全系古代人工开凿而成，是全国最大的古代人工石窟。据专家考证计算，从３５号开掘出的石料足以铺成一条由黄山通往杭州使用１米长、０．２米宽的石料全长约２００公里的公路。洞内有２６根石柱，呈品字形排列，撑起洞府天地，规模恢弘，气势雄伟。其中的石房群、石床、石桥和石雕楼阁巧妙分布，宛若仙境。石窟内通风良好。洞内有潭水数口，常年不枯，清澈见底，最低的水面低于洞外新安江水面约２米。

　　诸多专家学者、探险家和旅游者在游览考察过屯溪石窟后，提出了一个个破谜大猜想。

　　石窟屯兵说。据《新安志》载，公元２０８年，孙权为削平黟歙等地山越，派大将贺齐屯兵于溪水之上，后改新安江上游这些水域为“屯溪”。这段史实既是“屯溪”地名的由来，也似乎印证屯溪石窟群是贺齐屯兵储备兵器弹药的地方。

　　道家福地说。离石窟不远的地方有一座齐云山，它是中国四大道教名山之一，而道家是有喜欢群洞以作福地修身养道的传统。从齐云山到石窟群有新安江水路直达，这种猜想可以解释石窟中的众多房之谜。

　　功能转化说。这些石窟群并非某一个朝代某一个时期一次性完成的，而是在漫长历史中不断开凿而成的，最初可能是为采石，但后来人们又将它用作避难、屯兵、储粮等用途。这种假说可以解释同一石窟中石纹凿痕不同、花纹图案不同的现象。　　

　　山丘说。上海复旦大学一位教授前来考察石窟时，花了大量时间在石窟区爬山越坡，最后大胆提出：石窟群中的几十万方石料运出洞口后就地堆积，日积月累形成新的山丘。此说是揭开石窟之谜的最具震撼力的进展，因为这一论点若成立，石料去向之谜便可揭开，而石料去向是破解石窟之谜的关键。

　　此外，还有“被弃皇陵”说、“采石场”说、“盐商仓库”说、“巨型石文化建筑”说、“方腊洞”说、“杀人坞”说、“临安造殿”说等等，但以上所有假说都不同程度地遭到质疑或否定。