防卫医科大学，是日本培养三军军医的学校。该校建于1973年11月，1974年正式招生。校址在琦玉县所泽市。学校直属防卫厅。该校下设事务局、医学教育部、医院、图书馆和防卫医学研究中心等机构。

防卫医科大学，学制6年，每年招收学员80名，总定员480名。

防卫医科大学教学内容大致分为医学教育课程和训练课程两大类。(一)医学教育课程，依学校教育法，按地方医科大学标准设置分基础课程和专业课程。(1)基础课程，包括一般教育、外语、保健体育和基础教育，在第1、2学年学完，结业时需获86个学分。 (2)专业课程，第2学年到第6学年学习，总学时为4758个学时。其中基础医学课程2136小时，学习内容有解剖学、生理学、生化学、药理学、病理学、细菌学、卫生学、公共卫生学、寄生虫学、法医学、医用电子工程学；临床医学课程2512小时，学习内容有内科学、精神科学、小儿科学、外科学、脑外科学、整形外科学、皮肤科学、泌尿科学、眼科学、耳鼻喉科学、妇产科学、放射线科学、麻醉学。此外，还有特别讲座110小时。(二)训练课程，包括基础教育 (徒步教练、体育、游泳、滑雪、教育法)和部队实习，共计507个小时，第1学年为96个小时，第2个学年为156个小时，第3学年为 94个小时，第4学年至第6学年为93个小时。训练课程的目的在于培养军官所需要的基本素质和技能。

学员毕业后，被授予军士长军衔，到自卫队训练部门接受6周军官必修课训练。另外，学员经国家医师考试合格者，可获得医师证书，授中尉军衔。获取医师证书者，按照医师法在防卫医科大学医院或自卫队中央医院进行研修两年，研修结束后，分配到陆、海、空自卫队医院或其他医疗设施任军医，从事医疗卫生工作。防卫医科大学毕业的学员，必须在部队服役9年，根据军队规定，未满9年要求退役者，须偿还一定的赔偿金。

防卫医科大学还设有研究生科。研究生科系列分为： (1)综合基础医学群，其中包括综合生理学学科系列、综合病理学学科系列、综合社会与环境医学学科系列。(2)综合临床医学群，其中包括急救医学学科系列、成人医学学科系列等5个学科系列，共计34个专业。研究生科的招生对象主要是防卫医科大学、一般大学的医学部、牙学部和兽医学部毕业后工作4年以上的人员。第1期招生12人，均为防卫医科大学毕业生。应试者必须有所在单位的长官，即官房长官、各设施机关的长官，陆上、海上、航空自卫队参谋长、参谋长联席会议事务局长、技术研究本部部长、设施厅长官的推荐。考试内容有两项：外语(英语、德语或英语、法语)和志愿选修单位的口试。学制4年，第1、2学年学习选修专业，第3、4学年接受撰写论文的有关指导。成绩优异者，学习期限可减为3年。

1996年10月，日本自卫队又在防卫大学内设立了防卫医学研究中心，并为列为该校的建制单位。该中心是专门从事军事医学研究的科研机构。其主要研究领域为"短时间内发生大量伤病员时的急救、抢救研究"和"异常环境下人体机能研究"等。该研究中心设主任1名，由教授兼任，下设5个研究部门和1个事务部，总员额27人。1996年度首先设立外伤、医疗工程和异常环境卫生等3个研究部门。1997年度设立的行为科学研究部主要负责"异常事态下应激反应时的行为科学研究"，具体包括紧急时的恐慌、异常行为、应激反应时的生理机能和精神活动等；情报系统部主要负责"有关医疗情报管理和传递方法的研究"，具体包括广域医疗情报管理、急救医疗情报管理、急救医疗情报传递、医疗情报网等的研究。各研究部的编成均为1名教授和3名助手。异常环境卫生部和行为科学部还要配备具有灾害现场医疗经验的医官。